Telefon ve e-posta Desteği
Sıkça Sorulan Sorular
Yazarlar İçin Teknik Bilgiler
İletişim Bilgileri
Ana Sayfaya Dönüş
 

Kongre Takvimi
Buradaki bilgiler JournalAgent™ online dergicilik sisteminden alınmaktadır.

Türk Biyokimya Dergisi

Yapısal veritabanlarındaki sistein kalıntılarında pKa değerinin yüksek oranda değişkenlik göstermesi ve H-bağı katkılarının etkisi [Turk J Bioch]
Turk J Bioch. 2014; 39(4): 435-442 | DOI: 10.5505/tjb.2014.55823  

Yapısal veritabanlarındaki sistein kalıntılarında pKa değerinin yüksek oranda değişkenlik göstermesi ve H-bağı katkılarının etkisi

Stefano Maria Marino, Inanç Soylu
Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, Antalya

AMAÇ: – Bu çalışmada, yaygın olarak kullanılan iki ampirik pKa tahmin edici program olan propka 1.0 (ppka1) ile propka 3.0 (ppka3)’ı karşılaştırılmıştır. İki program, sistein (Cys) amino asidi odaklı, yapısal veri tabanlarının yüksek hacimli analizlerinde kullanılan araçlar olarak test edilmiş, ve performanslarının, bilinen reaktif sistein kalıntılarına ilişkin bilgiler kullanılarak değerlendirilmesi hedeflenmiştir.
YÖNTEMLER: Yapısal veri setleri, PDB veri tabanından bilgisayara indirilmiş ve farklı pKa tahmin programların aktarılmıştır. Programların çıktılarından amaca yönelik hazırlanmış betikler kullanılarak ilgili bilgiler çıkarılmış ve elde edilen bilgiler daha sonra farklı programların çıktılarının karşılaştırıldığı detaylı analizlere konu edilmiştir.
BULGULAR: ppka1 programında, Cys kalıntısına ilişkin pKa değerinin hesaplanırken; özellikle yüzeyde yer alan kalıntılarda, H-bağı katkıları önemli bir yer teşkil etmektedir. Son sürüm olan ppka3 için bu durum farklıdır. ppka1'nın bu özelliği H-bağı ağının reaktif, fonksiyonel Cys kalıntılarının aktivasyonundaki kritik rolünü gösteren, yakın zamanda yapılmış bağımsız çalışmalar ile örtüşmektedir. Gerçekten de reaktif Cys kalıntılarının tanımlayabilme yeteneği test edildiğinde, ppka1 programından diğer metotlara kıyasla daha başarılı sonuçlar elde edilmiştir.
SONUÇ: Çalışmada ppka1 programının, redoks biyoinformatiğinde, yüksek hacimli veri setlerinin Cys kalıntılarına tahmininde etkin bir araç olarak kullanılabileceği gösterilmiştir. ppka1 özellikle reaktif (Örn. nükleofilik, yüzeyde yer alan) fonksiyonel Cys kalıntılarının hassas olarak tahmin edilmesinde, hızlı ve diğer programlarla rekabet edebilen performansa sahiptir. Bu çalışma, propka (ppka1, ppka3) tahminleri ile ilgili ilişkin önemli bilgiler ile beraber Cys aktivasyonunda H-bağının ve kalıntının yüzeyde bulunmasının kritik rolünü destekleyici bilgiler sunmaktadır.

Anahtar Kelimeler: Sistein, redoks biyoloji, biyoinformatik, biyokimya


High pKa variability of cysteine residues in structural databases and the effect of H-bond contributions

Stefano Maria Marino, Inanç Soylu
Akdeniz University, Faculty Of Agriculture, Department Of Agricultural Biotechnology, Antalya

OBJECTIVE: Our first objective was to extensively compare two most common empirical protein pKa predictors, propka1.0 (ppka1) and propka3.0 (ppka3); we have specifically compared them as tools for high-throughput analyses of structural datasets with a particular focus on the amino acid Cysteine (Cys); afterwards, our goal was to assess their performances with known instances of reactive Cys residues.
METHODS: Structural datasets were downloaded from the PDB repository and pipelined to different pKa prediction software; results were parsed with in-house scripts, to extract relevant information, and then subjected to further analysis, including detailed output comparisons for different programs.
RESULTS: With ppka1, H-bond contributions dictated the prediction of Cys pKa, particularly for exposed residues; this was not the case for the most recent version, ppka3. This feature of ppka1 fits with recent, independent studies reporting the critical role of H-bond network in the activation of reactive Cys residues; indeed, when tested in a benchmark for its ability to describe reactive Cys residues, ppka1 provided the best results, favorably comparing to other methods tested.
CONCLUSION: ppka1 can be an effective aid in redox bioinformatics as a tool for high-throughput Cys pKa predictions: it is extremely fast, yet capable of competitive performances, particularly apt to predict very reactive (e.g. nucleophilic, exposed) functional Cys residues. This work provides new insights on propka (in its different versions) predictions as well as substantial support to the critical role of H-bond and exposure in Cys activation.

Keywords: Cysteine, redox biology, bioinformatics, biochemistry


Stefano Maria Marino, Inanç Soylu. High pKa variability of cysteine residues in structural databases and the effect of H-bond contributions. Turk J Bioch. 2014; 39(4): 435-442

Sorumlu Yazar: Stefano Maria Marino, Türkiye


ARAÇLAR
Yazdır
Alıntıyı İndir
RIS
EndNote
BibTex
Medlars
Procite
Reference Manager
E-Postala
Paylaş
Yazara e-posta gönder

Benzer makaleler
PubMed
Google Scholar




 

 
 

Online Kongre Hizmetleri
Kongre Web Sitesi
Bildiri Özeti Toplama ve Değerlendirme
Online Kayıt ve Konaklama
Elektronik Poster (e-poster)
Video Podcast, WebCast
Bilimsel Program Düzenleyici
Bildiri Özeti ve Tam Metin CD'leri
 

Online Kurumsal Hizmetler
Dernekler İçin Web Siteleri
Hakemli Dergiler İçin Online Makale Toplama
   ve Değerlendirme

Uluslararası Dizin Danışmanlığı
PubMed®, LinkOut® Hizmetleri
Online Çalışma Grupları
 

Referans
Çalıştığımız Online Hakemli Dergiler
Destek Verdiğimiz Kongreler
Yazarlar İçin Teknik Bilgiler

İletişim
Bize Ulaşın
LookUs

 
 
1999 - 2016 © LookUs Scientific

Bu sitede sözü edilen uygulamalara ait teknoloji, uygulama metodu, ekran görünüşleri; ticari marka, ticari görünüm, kanun dışı rekabet ve başka kanunlarca; yerel ve uluslararası copyright düzenlemeleri ile korunmuştur. Site üzerindeki herhangi bir metin ve imaj LookUs Bilişim Hizmetleri Ltd.'nin açık ve net izni olmadan kopyalanamaz veya dağıtılamaz.
Metinler ve şekiller içinde geçen gerçek şirket ve ürün adları, ilgili firmaların ticari markaları olabilir.